Miután a magyarországi magyarörmény diaszpóra tagjai különböző helységekből származnak, dr. Issekutz Sarolta elnök 1997-ben elhatározta és megvalósította, hogy egyházi, valamint világi kapcsolatot kell teremteni az erdélyi kolóniákkal és az erdélyi kolóniák között is. Úgy vélte, egyedül ez képes együtt tartani a közösségeket és feléleszteni az örmény hagyományokat, szokásaikat, emlékeiket, megmenteni épített örökségüket. Csakis így képes temetőit felújítani, vagy a nagy egyházi ünnepeket – az elszármazott magyarörményekkel – közösen megrendezni, megélni. Az Egyesület együttműködési megállapodásokat kötött a közösségekkel, valamint kezdeményezte, hogy e szervezetek alakítsák meg az örmény katolikus plébániák civil szervezeteit, majd szövetségüket, hogy közösen tudjanak fellépni a magyarörmények érdekeiben. Ma már erős civil szervezetek működnek a hagyományos örmény városokban (Gyergyószentmiklós, Erzsébetváros, Csíkszereda-Csíkszépvíz, Szamosújvár), de Kolozsvárott, Marosvásárhelyen, Székelyudvarhelyen is.
Az erdélyi civil szervezetekkel a kapcsolattartás folyamatos. Konferenciákra, az Örmény Kultúra Hete rendezvénysorozatokra, klubokba az EÖGYKE rendszeresen meghívta képviselőit. Ezzel Erdély nagy részében sikerült megszólítani a magyarörményeket, őket a kulturális- és hitéleti identitásuk erősítésére emlékeztetni, ezáltal összekötni és informálni a magyarörménységet, éljenek bárhol is e földön.
Az EÖGYKE 1997. február 14-i megalakulása után nyáron dr. Issekutz Sarolta elnök elutazott Erdélybe és felkereste a hagyományos örmény települések plébániáit (Szamosújvár, Erzsébetváros, Gyergyószentmiklós, Csíkszépvíz és Csíkszereda), ahol megismerkedett az egyházközség tagjaival, a kolónia erős egyéniségeivel. Kolozsváron felkereste Bálintné Kovács Júliát is, aki az Armenia Magyar-Örmény Baráti Társaságot képviselte. A beszélgetések során dr. Issekutz Sarolta megállapította, hogy valamennyi kolónia kellő rátermettséggel és erős identitástudattal rendelkezik. Felajánlotta az EÖGYKE segítségét, hogy az egyházi szervezet mellé egy-egy civil magyarörmény szervezetet is megalapíthassanak, illetőleg további támogatást ígért annak működtetéséhez, kulturális programjaihoz. Ennek érdekében meghívta az általa kiválasztott magyarörmények első küldötteit az Egyesület első, Budapesten, 1997. november 20-22 között megrendezésre kerülő Az örmény-katolikus egyház története és művészete c. konferenciára, a Magyarok Házába. A konferencia kötet Előszavában a következő sorok kerültek bejegyzésre: „ A konferencia záróakkordja az erdélyi közösségekkel történt kerekasztal beszélgetés és megállapodás volt. A konferencia szervezői igen nagy súlyt fektettek arra, hogy az erdélyi magyarörmény közösség képviselői részt vegyenek a konferencián. Az Erdélyből származó magyarországi örménység ugyanis csak velük együtt, közösen és egymást segítve tudja sikeresen megvalósítani célját és elrendezni közös dolgait. Kolozsvár, Szamosújvár, Gyergyószentmiklós, Csíkszépvíz és Csíkszereda, Erzsébetváros küldötteit látták vendégül, akikkel – az 1997. november 22-én aláírt megállapodás keretében – a minél hatékonyabb együttműködésben állapodtak meg.”
Ezen kezdeményezés hatására Erdélyben egy csapásra felpezsdült mindenütt a magyarörmény civil szerveződés – mindvégig együttműködve az örmény katolikus plébániákkal. Az EÖGYKE örmény kulturális műsorokkal, kiállításokkal, támogatással, a múltat feltáró könyvekkel, közösen rendezett programokkal segítette az örmény katolikus kolóniák feléledését.
Az Egyesület együttműködési megállapodásokat kötött a közösségekkel, valamint kezdeményezte, hogy e szervezetek alakítsák meg szövetségüket, hogy közösen tudjanak fellépni érdekeikben. Ma már erős civil szervezetek működnek a hagyományos örmény városokon (Gyergyószentmiklós, Erzsébetváros, Csíkszereda-Csíkszépvíz, Szamosújvár) kívül is: Kolozsvárott, Marosvásárhelyen, Székelyudvarhelyen.
Trianon, valamint a II. világháború miatt Erzsébetváros került a legveszélyeztetettebb helyzetbe, tudniillik innen menekült el a magyarörmény közösség túlnyomó része. A megmaradtak (mindössze l6 fő) a hatalmas, Szent Erzsébet tiszteletére fölszentelt örmény katolikus főtemplom fenntartását, javíttatását már nem tudták maguk megoldani. Az Egyesület alapszabálya mintájára, a gyulafehérvári érsekség hozzájárulásával, 1997-ben sikerült létrehozni az Örmény Alapítványt (Fundatia Armeana) – kifejezetten a főtemplom és műtárgy együttese állagának megőrzése, javítása céljából. Az EÖGYKE ott segített, ahol csak tudott: pénzadományokkal, új elektromos hálózat kialakításával, esőcsatorna kiépítésével, poroltók beszerzésével. Hozzájárult a templom teljes felújítása végett a tervdokumentáció költségeihez, a temető megújításához, az évente tartandó Nagyboldogasszony-napi búcsú megrendezéséhez. Ez utóbbi tételnél az Egyesület anyagi-, tárgyi- és személyes segítséget is nyújtott (különösképp Mariska néni gondnoksága alatt). A búcsúra valamennyi örmény közösség meghívást kapott, így ezen időszakra a város is új életre kelt.
Szamosújvár az erdélyi örménység vikáriusi székhelye (apostoli kormányzója: Dr. Jakubinyi György érsek, Gyulafehérváron, vikáriusa: Szakács Endre plébános)volt. Az Egyesület folyamatosan hozzájárult a főtemplom tatarozásához, az elektromos hálózat felújításához, poroltó biztosítás költségeihez, az elektromos harang beszerzéshez, az orgona megjavításához, a Szt. Gergely oltárkép restaurálásához, a temető – főleg a sírkövek és a rajtuk szereplő nevek – renoválásához. Az EÖGYKE – egyéb pénzadományai mellett – örmény vonatkozású könyveket is adományozott a plébánia könyvtára számára. Többször vendégül látta Budapesten az örmény egyházi kórust. Az Erdélyi Római Katolikus Levéltárak 4. kötetének [Bernád Rita – Kovács Bálint: A Szamosújvári Örmény Katolikus Gyűjtőlevéltár (Kiadó: Budapest-Gyulafehérvár-Leipzig 2011)] kiadását ugyancsak az Egyesület, a Fővárosi Örmény Önkormányzat és a II. ker. Örmény Önkormányzat támogatásával sikerült megjelentetni.
Az EÖGYKE Szamosújváron a Pro Armenia Alapítvánnyal is együttműködik kiállítások, kulturális műsorok, Armenia időszakos kiadvány terjesztése érdekében és más egyéb területeken is.
Kolozsváron az EÖGYKE a kezdetektől fogva folyamatosan együttműködött az Armenia Örmény-Magyar Baráti Társasággal. Közösen rendezett konferenciák, többnapos rendezvénysorozatok, kiállítások, könyvbemutatók, barangolások, a Füzetek szerkesztésében való közreműködés, illetve azok terjesztése, kapcsolattartás az erdélyi örmény közösségekkel, személyekkel – ezek talán az egyik legfontosabb tételei a Kárpát-medencei magyarörmények összefogásának. Hálás köszönet érte Bálintné Kovács Júlia elnökasszonynak, aki kéthavonta Erdély-szerte – az Egyesület rendszeres anyagi költségviselésével – továbbította a Füzeteket, így általa töretlen volt kapcsolattartásunk a magyarörmény olvasókkal.
Az EÖGYKE segítségével létrejött a Székelyudvarhelyi Magyar Örmény Kulturális Egyesület, majd a Marosvásárhelyi Örmény Magyar Kulturális Egyesület. Mindkettő kulturális megjelenéséhez az Egyesület kiállítások, illetve előadások megszervezésével, könyvek adományozásával és további támogatásokkal járult hozzá. Az erdélyi magyarörmény szervezetek túlnyomó részét összefogó Szövetség létrehozását is az Egyesület segítette.
Az erdélyi civil szervezetekkel a kapcsolattartás folyamatos volt; konferenciákra, az Örmény Kultúra Hete rendezvénysorozatokra, klubokba az EÖGYKE rendszeresen meghívta képviselőit. Ezzel Erdély nagy részében sikerült megszólítani a magyarörményeket, őket a kulturális- és hitéleti identitásuk erősítésére emlékeztetni, ezáltal összekötni és informálni a magyarörménységet, éljenek bárhol is e földön.
Az Egyesület tehát e szervezetekkel töretlenül fenntartotta a kapcsolatot, legfőképpen a Füzeteken keresztül, amely több mint 400 erdélyi címre jutott el, s mely kézről kézre jár a magyarörmény családok között. A Füzetek fellelhetőek mind Magyarországon, mind pedig az Erdélyben lévő közgyűjteményekben.
A pandémia és a jelentős postai árdrágulás, szállítási nehézségek miatt mára a Füzetek papíralapon csak Magyarországon jut el az olvasókhoz, de interneten elérhető a világon bárhonnan (Füzetek aloldal).